O diagnóstico e a identificação de fitobactérias são essenciais para o manejo eficaz de doenças em plantas. As fitobactérias são responsáveis por perdas econômicas significativas em diversas culturas diferentes e a identificação correta desses patógenos permite realizar medidas para o controle, prevenção e disseminação de doenças.

Durante anos, o diagnóstico apoiou-se em métodos clássicos com isolamento em meio de cultura, caracterização morfológica das colônias e testes bioquímicos e provas de patogenicidade que eram complementados pelo postulado de Koch, estabelecendo a relação agente-doença. Porém, tais abordagens apresentam limitações quanto à sensibilidade, tempo de resposta e capacidade de distinguir espécies de bactérias próximas.

O avanço da biologia molecular nas últimas décadas mudou a capacidade de caracterização e rastrear os microrganismos, mostrando como ainda se conhece pouco sobre a diversidade microbiológica. A incorporação de técnicas moleculares e instrumentais transformou o diagnóstico fitossanitário. A PCR convencional e a PCR quantitativa (qPCR) oferecem detecção específica e sensível de alvos genéticos, permitindo tanto a identificação rápida quanto a quantificação da carga bacteriana em tecidos vegetais, ampliando o nível de espécie. Métodos multiplex, incluindo paineis de qPCR multiplex e microarrays, viabilizam a detecção simultânea de múltiplos patógenos, otimizando diagnósticos diferenciais quando sintomas são inespecíficos.

Além disso, métodos imunológicos como ELISA, ensaios de imunocromatografia (testes rápidos) e imuno assinaturas em microarrays fornecem ferramentas específicas e de implementação relativamente simples para detecção de antígenos bacterianos, sendo úteis para triagem em campo e em laboratórios com infraestrutura limitada. Porém, a sensibilidade e especificidade dependem da qualidade dos anticorpos e do design dos ensaios, exigindo validação e controles rigorosos.

Os testes moleculares e imunológicos avançaram mas ainda possuem problemas relacionados a rapidez, intensidade do sinal e instrumentação, porém com a integração destes com a nanotecnologia abre a oportunidade de todas as etapas de detecção serem feitas em um dispositivo portátil, rápido e preciso porém a implementação apropriada dessas técnicas é desafiadora e de alto custo.

A melhor prática diagnóstica em fitopatologia recomenda uma abordagem integrada: procedimentos de amostragem padronizados e cuidados no transporte, isolamento e caracterização fenotípica iniciais, seguidos de confirmação molecular e, quando necessário, provas de patogenicidade. A interpretação dos resultados deve considerar o contexto epidemiológico, histórico da lavoura e sinais clínicos, e ser sustentada por controles laboratoriais adequados e protocolos validados.

Investimentos em capacitação técnica e atualização tecnológica, bem como a adoção de fluxos de trabalho que combinam métodos clássicos e modernos, são fundamentais para aumentar a acurácia, reduzir falsos positivos/negativos e melhorar a resposta a surtos fitossanitários.